Con eCryptfs es muy simple y seguro encriptar un directorio. Como su nombre lo indica es un FileSystem encriptado y cuenta con dos partes. La primera un directorio (ej: Private) el cual montaremos para acceder a los datos, y la segunda, un directorio que antepone un punto a su nombre (.Private) donde guardará los datos encriptados.
Como dice el man de eCryptfs, piensen en esto como una especie de gnupgFS.

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